Родился он 20 сентября 1975 года в Боготе, Колумбия. Любовь к автогонкам с раннего детства ему привил отец, архитектор и большой любитель автогонок.
Прежде чем попасть в Формулу-1, Хуан прошел типичные для гонщиков этапы картинга и младших «Формул». Монтойя считался одним из самых быстрых гонщиков Формулы-1 2000-х годов. За время выступления в команде Williams он показал себя с самой лучшей стороны. Именно это подтолкнуло Рона Денниса заключить контракт с Монтойя. После этого Хуан стал напарником Кими Райкконена. Тогда все думали, что Деннис создал очередную команду мечты. Но в 2005-2006 годах Монтойя очень бледно смотрелся на фоне напарника по команде. Летом 2006 года Монтойя покинул команду.
С 2007 гола Хуан Монтойя участвует в гонках серии NASCAR. По итогам сезона он занял восьмое место.